Professionnels libéraux du secteur de la santé, vous vous demandez peut-être si vous êtes concernés par la réforme de la facturation électronique, alors que la majorité de vos actes sont exonérés de TVA. La réponse est OUI. En votre qualité de professionnels libéraux, vous êtes considérés comme des assujettis à la TVA et, à ce titre, vous avez de nouvelles obligations. Toutefois, elles sont notoirement réduites par rapport aux autres entreprises.
Les obligations de facturation électronique côté « dépenses »
Tous les professionnels libéraux, quelles que soient la forme et la taille de leur structure d’exercice (personnes physiques, y compris micro BNC, ou sociétés – SEL, SCP, SCM…), sont soumis à l’obligation de réception des factures électroniques à compter du 1er septembre 2026.
Cette obligation de réception concerne tous leurs achats professionnels auprès de fournisseurs assujettis à la TVA établis en France (énergie, téléphone, matériel médical, location, expert-comptable…). C’est pourquoi les professionnels libéraux doivent impérativement choisir une Plateforme Agréée avant cette date. C'est sur cet outil qu’ils recevront leurs factures.
Les obligations de facturation électronique côté « recettes »
Les actes de soins médicaux, paramédicaux, de biologie médicale… sont en principe exonérés de TVA en vertu de l’article 261, 4, 1° du code général des impôts. À ce titre, ils sont dispensés de facturation et donc exclus de l’obligation de facturation électronique, de e-reporting de transactions et de e-reporting de paiements. C’est un avantage non négligeable.
En revanche, les professionnels de santé peuvent réaliser des actes « hors nomenclature » ou non thérapeutiques (par exemple : certains actes esthétiques non remboursés, les ventes de produits cosmétiques ou d’orthèses…), ou des prestations pour un autre professionnel de santé ou non (par exemple des expertises, conseils, locations…). Dès lors, il s’agit d’opérations relevant de la TVA. Entrent également dans ce champ les redevances perçues par un médecin remplacé en contrepartie de la mise à disposition de ses installations techniques ou locaux au médecin remplaçant.
Ces seules opérations taxables sont soumises, à compter du 1er septembre 2027 pour la plupart des professionnels, à l’obligation de :
- émettre des factures électroniques si ces opérations sont destinées à des assujettis à la TVA ;
- effectuer un e-reporting de transactions si ces opérations sont destinées à des non assujettis (par exemple, patients particuliers) ou à des assujettis étrangers ;
- effectuer un e-reporting de paiements si ces opérations relèvent de la TVA sur les encaissements (en général, les prestations de services).
Les associations de santé assujetties à la TVA sont passibles de ces mêmes obligations, ainsi que toutes les personnes qui réalisent des actes médicaux ou rendent des services en dehors du cadre de l’exercice légal de la médecine (notamment les acupuncteurs, étiopathes, iridologues, sophrologues, thanatologues…).
Les obligations de e-reporting ne font pas obstacle au respect du secret professionnel, car aucune donnée à caractère personnel (nom du patient, nature précise de l'acte médical) n'est transmise dans le flux de e-reporting. Les données sont globalisées par jour et non communiquées par opération. Seuls les montants financiers et la TVA sont transmises.
📝 En synthèse
Tous les professionnels libéraux du secteur de la santé sont assujettis à la TVA et doivent à ce titre être en capacité de recevoir dès le 1er septembre 2026 des factures électroniques par l’intermédiaire de la Plateforme Agréée qu’ils auront choisie.
S’ils ne réalisent que des actes exonérés de TVA en vertu de l’article 261, 4, 1° du code général des impôts, ils n’ont aucune autre nouvelle obligation.
En revanche, s’ils réalisent des opérations taxables, ils doivent se soumettre, pour ces seules opérations, aux obligations d’émissions de facture électronique et/ou de e-reporting.
Au prochain numéro : Le numéro individuel d’identification à la TVA
